Sau ngày khôi phục Thăng Long, Trịnh Tùng xét đặt ra hai loại binh. Loại đầu kêu là Ưu binh, chỉ lấy ở hai xứ Thanh, Nghệ, ba suất lấy 1, làm túc vệ ở kinh thành được cấp lộc điền và đôi khi còn được ban chức tước. Bọn ưu binh thường cho mình là người đất thang mộc, "nanh vuốt cật ruột" của triều đình mà nhiều khi lộng hành về sau này, nên còn được gọi là kiêu binh. Loại thứ hai kêu là Nhất binh, lấy ở 4 trấn đất Bắc là Sơn Nam, Kinh Bắc, Hải Dương, Sơn Tây, cứ năm xuất đinh lấy một, dùng để giữ ở các trấn, hết kỳ công tác thì cho về quê làm ruộng[69].

Năm 1597, có hai người tên là Nguyễn Đường Minh quê huyện Yên Phong và Nguyễn Minh Trí quê xã Ngải Kiều có âm mưu lật đổ họ Trịnh. Trịnh Tùng phát giác âm mưu và đem cả hai ra xử tử[70].

Năm 1598, lệnh cho huyện Quảng Đức[Ghi chú 24] mở cục làm giấy, làm loại giấy khổ to, kiểu mới nộp quan, không được bán riêng. Bấy giờ, người ta hay làm giả lệnh thị, cho nên có việc cấm này để phòng kẻ gian. Lại hạ lệnh cho thừa ty và phủ huyện các xứ nếu thấy người của quan trên sai xuống có mang thiếp thị thì phải xét thực là giấy kiểu mới mới được y lệ thừa hành, nếu không phải thì bắt nộp trị tội. Lại có lệnh cho các quan phủ, huyện, xã tuyển dân đinh trong hạt làm lính để bổ sung vào quân đội. Nhưng do phép duyệt tuyển có nhiều chỗ sách nhiễu những nhặn khiến người dân bất bình[71].

Ngày 11 tháng 5 năm 1599, Trịnh Tùng ép vua Lê Thế Tông phong cho mình làm Đô nguyên suý tổng quốc chính thượng phụ Bình An vương, là chức quan cao nhất trong triều, chỉ đứng sau vua[72]. Vua bất đắc dĩ phải y cho, sai Hoàng Đình Ái đem sách thư phong Tùng làm Bình An vương, ban cho Ngọc toản [Ghi chú 25][73]), mao tiết[Ghi chú 26], hoàng việt[Ghi chú 27]. Ông nhận sách phong xong vào triều lạy tạ vua Lê, rồi về phủ Chúa nhận lễ bái mừng của trăm quan, bèn mở tiệc lớn và đem tiền, lụa ra thưởng cho mọi người, kẻ nhiều người ít khác nhau. Nghiệp vương của họ Trịnh bắt đầu từ đấy.

Trịnh Tùng lại cho xây phủ chúa ở ngay bên cạnh triều đình vua Lê; và từ đó phủ chúa trở thành nơi bàn định công việc của đất nước; triều đình chỉ còn là hư danh, vua Lê chỉ có 7 thớt voi, 20 thuyền rồng 5000 lính túc vệ; thu thuế 1000 xã để chi dụng, chỉ chỉnh chện mặc áo long bào, cầm hốt ngọc nhận lễ triều yết mà thôi.[74][75]. Còn những việc đặt quan, thu thuế, bắt lính, trị dân, đều thuộc về quyền họ Trịnh cả. Chỉ có khi nào thiết triều hay là tiếp sứ thì mới cần đến vua mà thôi. Uy quyền họ Trịnh bấy giờ rất lớn, nếu muốn lật đổ nhà Lê cũng không khó gì, nhưng trước sau Trịnh Tùng vẫn không dám cướp ngôi vua, là vì ở phía Bắc sợ có nhà Minh sinh sự, lại có họ Mạc còn giữ đất Cao Bằng, nếu tiếm ngôi thì e quân nghịch nổi lên lấy phù Lê thảo Trịnh làm cớ.Từ đó sự nghiệp của chúa Trịnh ở Đàng Ngoài chính thức bắt đầu[76].

Tháng 8 năm đó, chúa Bầu ở Đại Đồng là Vũ Đức Cung nổi dậy, tiếm xưng là Long Bình vương, sai tướng thủ hạ là bọn Nhuệ quận công đem quân của châu Đại Man đánh các động núi ở châu Bạch Thông, đất Thái Nguyên, bức thu thuế mỏ bạc. Bấy giờ, Bình An vương sai bọn Hải quận công, Quảng quận công, Phụng quận công đem quân tiến đánh, lại sai tướng Vệ Nghĩa hầu Tống Thời Chiếu dẫn đường đi đánh phá giặc.[77]. Năm sau, Đức Cung cho con là Vũ Công Ứng tới hành cung giảng hòa. Chúa tiếp đãi an ủi rất trọng hậu, hạ chỉ khen ngợi, và sai khiến đi bắt con cháu nhà Mạc[78].

Ngày 12 tháng 10 cùng năm, Lê Thế Tông qua đời, Trịnh Tùng bàn với các quan rằng thái tử không thông minh mẫn tiệp, bèn lập con thứ là Duy Tân. Ngày 15 tháng 10, Duy Tân lên nối ngôi, tức là Lê Kính Tông.[77][79][80] Các hoàng thân và đại thần đều theo lễ để tang từ 1 đến 3 năm, riêng Trịnh Tùng là bậc quân vương nên phải khác với trăm quan, chỉ để tang 100 ngày mà thôi. Mùa thu năm 1602, Trịnh Tùng duyệt quân ở bến Cỏ (Thảo Tân)[81]. Mùa hạ năm 1603, Bình An vương nghi ngờ Đăng quận công Nguyễn Khai có ý làm phản, mới sai nội giám Nhạc quận công Bùi Sĩ Lâm cùm trói lại, tra xét không có tang chứng, sau một năm thì tha[81].

Mùa đông năm 1613, kinh thành gặp nạn lửa, đốt trụi hơn vạn nóc nhà. Bình An vương sai các quan trong triều đi các nơi thăm hỏi tình hình dân chúng đói khổ, hạ lệnh chuẩn cho miễn tô thuế phu dịch trong ba năm để cho dân xiêu tán lại trở về yên nghiệp[82]. Mùa hạ năm 1614, Bình An vương phong tước quận công cho các cháu nội: Trịnh Tượng làm Liêm quận công, Trịnh Tạc làm Vinh quận công, Trịnh Đồ làmHương quận công, Trịnh Bảng làm Hội quận công, Trịnh Trân là Phổ quận công, Trịnh Liêm làm Lãng quận công, Trịnh Thức làm Luân quận công, Trịnh Lệ làm Hoà quận công[83]. Mùa xuân năm 1615, quan Thượng thư bộ Hình kiêm Đông các học sĩ tế tửu Quốc tử giám là Nghĩa Khê hầu Nguyễn Hữu Lễ dâng sớ điều trần nói về việc "trừ bỏ tám điều hại cho nước" (khử quốc tệ bát điều) để dẹp dứt các tệ nạn. Bình An vương cho phép đem thi hành lại gia thưởng cho Hữu Lễ rất hậu[82].

Mạc Kính Cung sau mấy lần thua trận, phải chạy lên Lạng Sơn. Sau khi tập hợp lại lực lượng, Kính Cung lại quấy phá Thái Nguyên. Năm 1609, chúa sai em là Trịnh Đỗ cùng Nguyễn Danh Thế đem quân tới kinh lý, Kính Cung thua chạy. Về sau, cháu Kính Cung là Kính Khoan lại tự xưng vương, đặt niên hiệu, quản lý vùng Vũ Nhai, Đại Từ[Ghi chú 28]. Mùa xuân năm 1618, Trịnh Tùng sai con là Trịnh Tráng, Trịnh Xuân, cùng bọn Nguyễn Cảnh Kiên, Nguyễn Văn Giai, Tạ Thế Thúc, Nguyễn Khải... tiến đánh, quân Mạc thua trận. Sau đó ông lại sang Trịnh Lâm và Trịnh Bảng đánh Vũ Nhai và cũng thắng lớn.[84]

Ngày 12 tháng 2 năm 1619, phủ chúa Trịnh bị hỏa hoạn, bắt đầu từ cửa Vương phủ, sau lan ra phố phường hai bên, cháy vào đến lầu cửa Đoan Môn của Triều đường và các nhà trực hai bên tả hữu đều cháy hết sạch[85][86]. Mùa hạ năm đó, Lê Kính Tông vì thấy Trịnh Tùng chuyên quyền quá lắm, nên không chịu được. Biết con thứ của Trịnh Tùng là Trịnh Xuân tranh ngôi với Trịnh Tráng, nên nhà vua bàn mưu với Xuân giết chúa, rồi quyền bính sau này sẽ trao cho Xuân.[87] Xuân nghe tin chúa sẽ ra bến Đông Hà xem đua thuyền, bèn sai thuộc hạ là Văn Đốc đặt địa lôi và phục súng ở cạnh ngã ba đường. Quả nhiên chúa có đến lầu ở bờ sông. Khi về, thường chúa cưỡi voi. Hôm ấy, chúa thấy trong lòng không yên, cho voi ngựa và nghi vệ đi trước, còn tự mình ngồi kiệu đi sau. Đến chỗ ngã ba, có tiếng súng nổ, bắn gãy cây lọng tía. Vội sai truy bắt, thì bắt được Văn Đốc cùng đồ đảng, đem về phủ tra hỏi, y khai ra nhà vua cùng Vạn quận công (Xuân). Trịnh Tùng sai Trấn quận công Trịnh Lâm và Nhạc quận công Bùi Sĩ Lâm vào điện xét hỏi tả hữu, thì biết hết sự việc.[45]

Ngày 23 tháng 6, Trịnh Tùng ngự ra phủ đường, tập hợp bách quan; thân bưng mâm vàng trầu cau bước ra, cùng triều thần luận tội. Nguyễn Danh Thế, Lê Bật Tứ, Nguyễn Duy Thì đều đề nghị xử tử Trịnh Xuân và phế truất nhà vua. Trịnh Tùng nghĩ tình cha con không nỡ giết, chỉ lệnh bắt Trịnh Xuân, bãi hết quan tước, binh quyền, giam vào nội phủ. Rồi lại cho giết bọn Văn Đốc. Sau đó ông ép Lê Kính Tông phải thắt cổ tự vẫn,[88][89] vẫn cho táng theo lễ thiên tử; nhưng không đưa vào thờ ở thái miếu mà lập một điện riêng để thờ cúng, dâng thuỵ là "Giản Huy Đế" táng ở lăng Bố Vệ[90] (đến năm 1631 mới dâng miếu hiệu là Kính Tông).[91]) Đến năm 1620 thì Trịnh Xuân được thả ra, nắm lại binh quyền.

Bấy giờ hoàng hậu là con gái của chúa, sinh được Hoàng trưởng tử là Lê Duy Kỳ, mà trong hoàng tộc còn có cháu đích tôn của Anh Tông, con Bản quốc công Lê Bách là Cường quận công Lê Duy Trụ lấy công nữ Ngọc Hạnh (con gái của thế tử Tráng), cũng có ý muốn lên ngôi. Trịnh Tùng nghe lời con gái, bèn lập Lê Duy Kỳ làm vua, là Lê Thần Tông[92][93].